Совет народных комиссаров (СНК) был образован 25 апреля 1918 года на заседании Бакинского совета. СНК пытался организовать оборону города от турецких и азербайджанских войск, путем создания Кавказской армии. Однако в конце июня войска Совнаркома потерпели поражение под Гейчаем и спустя три недели турки были уже под Баку. 25 июля было созвано расширенное заседание Бакинского Совета, на котором комиссары предлагали сдать город немцам (во избежание занятия города турками), а дашнаки, меньшевики и эсеры — призвать англичан и продолжать оборону. 31 июля Бакинский Совнарком заявил о сложении своих полномочий и принял решение эвакуировать военные силы и государственное имущество Советской России в Астрахань. Власть в Баку взяла «Диктатура Центрокаспия» — орган, составленный в основном из эсеров и дашнаков. Диктатура немедленно послала приглашение англичанам. В тот же день, 31 июля, комиссары вместе с большевистскими вооружёнными отрядами и имевшимся в их распоряжении вооружением погрузились на пароходы, и вышли в море. Однако посланные Диктатурой военные суда принудили их вернуться, и беглецы (35 человек) были арестованы и заключены в Баиловскую тюрьму, и против них было возбуждено уголовное дело по обвинению «в попытке бегства без сдачи отчета о расходовании народных денег, в вывозе военного имущества и в измене».
19 сентября группа закаспийских лидеров во главе с Фунтиковым приехала особым поездом в Красноводск и там, вместе с англичанами и красноводскими властями, обговорила подробности расстрела. Роль расстрельного списка сыграл отобранный у Корганова (бывшего старосты камеры) список, по которому он распределял сухари; этот список приняли за список руководства Бакинского Совета — именно этим объясняется то, что из 35 арестованных было расстреляно 26 человек, выбранных достаточно случайно.
В ночь на 20 сентября было объявлено, что комиссаров якобы вывозят в Индию; их посадили в особый поезд и вывезли на 207-ю версту Закаспийской железной дороги, где и расстреляли. В 1920 году останки бакинских комиссаров были торжественно перезахоронены в Баку. В число комиссаров включили всех 26 расстрелянных, хотя среди них были и лица, не являвшиеся комиссарами, например личные охранники. Почитание памяти бакинских комиссаров началось во второй половине 50-х. Согласно воспоминаниям Д. Шепилова, И.В. Сталин давал им следующую характеристику: «Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не нужно афишировать. Они бросили власть, сдали её врагу без боя. Сели на пароход и уехали. Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду. Одно дело чтить память. Мы это делаем. Другое дело правдивая оценка исторического факта…» Тем не менее, еще в 1925 году Исаак Бродский напишет свою знаменитую картину «Расстрел 26 Бакинских комиссаров». Подробнее об этом авторе и его творчестве читайте в истории Властитель муз…
