Несмотря на «революционный» сюжет и использование цветной киноплёнки, официальная советская критика встретила фильм негативно. В журнале «Искусство кино» вышла разгромная статья, обвинившая режиссёра в тяготении к слащавой мелодраме и излишней жестокости съемок. Поводом стали сцены, в одной из которых Валентина Ивашёва выпрыгивает из окна в горящем платье. В результате актриса получила ожоги, было возбуждено уголовное дело. Однако не только это стало причиной пристального внимания НКВД к режиссеру. В съемках «Груни Корнаковой» в роли супруги фабриканта Лузнецова участвовала актриса Галина Антоновна Егорова-Доленко, урождённая Цешковская, дворянка по происхождению, дочь начальника жандармерии города Брянска Антона Николаевича Цешковского, прославившегося своей беспощадной борьбой с революционерами и убитого ими в 1908 году. После революции она благоразумно сменила фамилию, а в 1920-е годы вышла вторым браком за бывшего полковника царской армии, а теперь видного советского военачальника Александра Ильича Егорова. Её прошлое не интересовало «органы» до 1937 года, но затем последовал арест её мужа, как бывшего царского генерала, а вскоре задержали и саму актрису. В застенках муж и жена написали доносы друг на друга, и оба были расстреляны в 1938 и 1939 году.
Вероятно, история со сменой фамилии актрисы заинтересовала чекистов, и они принялись изучать прошлое остальной съемочной группы. В 1939 году Экк снимает второй цветной фильм — «Сорочинская ярмарка» по пьесе Н.В.Гоголя. А вскоре НКВД вызывает его на допрос, связанный с уже его прошлым. Где он во всём сознаётся.
Дело в том, что своё настоящее имя Юрий Иванкин тоже сменил в начале 1920-х годов, чтобы скрыть своё происхождение: было оно отнюдь не пролетарским, его отец был царским офицером, да к тому же сам он воевал на стороне Белой армии. Воевал не долго, и уже в 1918 году вернулся из Персии в Москву, где спрятался в подмосковных Горках, не встав на учёт как бывший царский офицер. Его хороший знакомый, доктор Казимир Эрнестович Экк, дал ему метрическую выписку своего сына Николая Владимировича Экка 1902 года рождения, позволив легализироваться под новой фамилией. Позднее Ивакин так и жил по поддельным документам.
Арестовывать Экка — к тому времени уже известного режиссера — в НКВД не стали, а тихо сослали на работу пропагандистом в политуправление Среднеазиатского военного округа. Официально считалось, что он эвакуирован. От кино его отлучили, обвинив в формализме и технической избыточности его режиссёрских методов. Почти 20 лет талантливый режиссёр-новатор оставался вне своего призвания.
К постановке фильмов Экк смог вернуться только в начале 1960-х годов. В этот период его творчество было отмечено телефильмом «Когда идёт снег…» (1962) и короткометражным фильмом «Мамочка и два трутня» (1963). Главным же его достижением в этот период стал первый советский стереоскопический цветной фильм «Человек в зелёной перчатке» (1967), который многие считают предтечей голографии. Фильм демонстрировался в новом зале кинотеатра «Октябрь» в Москве, а сам режиссёр в 1973 году был удостоен звания Заслуженный деятель искусств РСФСР.
Он скончался 14 июля 1976 года в Москве и был похоронен на Кузьминском кладбище